A l'âge de cinq ans, Emile Nelligan entre à l'Académie Saint-Antoine, mieux connue sous le nom de l' Académie de l'archevêché . Il fréquentera cet établissement de septembre 1885 à juin 1886. En août 1886, il entre à l'école Olier sur l'avenue des Pins. Déjà, il est souvent absent et ses absence durent parfois des mois entiers. En septembre 1890, il fait son entrée au Mont-Saint-Louis . Au début de l'année scolaire de 1893, il entre au Collège de Montréal en classe d'élément latin, alors la première année des huit du cours classique. Il redouble cette année-là. Curieusement, la reprise a porté fruits puisqu'il se retrouve le quatrième sur une classe de 33 élèves.

En mars 1896, il débute comme externe au Collège Sainte-Marie en syntaxe. Il est enseigné par les Jésuites, dont fait partie le frère de sa mère. Ce professeur qui enseignera à Émile Nelligan, est un dénommé Théophile Hudon , ordonné prêtre en 1901. Émile termine l'année avec des résultats médiocres. Le père Hudon gardera d'Émile une composition française - C'était l'automne... et les feuilles tombaient toujours - qui est, mis à part quelques lettres qu'il a écrit, la seule prose qui restera du poète.

L'année suivante, soit en 1897, Nelligan abandonnera définitivement ses études. Il a alors 17 ans et 3 mois.